개인사업자 부가세 신고 때 놓치기 쉬운 공제 4가지

부가가치세는 매출세액에서 매입세액을 빼는 것이 기본이지만, 신고서에는 그 밖에도 받을 수 있는 공제 칸이 여럿 있습니다. 음식점과 제조업의 의제매입세액공제, 소매·음식·숙박업 등의 신용카드매출전표 발행세액공제, 소규모 개인사업자의 전자세금계산서 발급세액공제, 직접 전자신고할 때 받는 전자신고세액공제가 대표적입니다. 일부는 2026년 말에 공제율이나 한도가 줄어드는 한시 규정이라 올해 신고에서 특히 챙길 필요가 있습니다.

의제매입세액공제: 면세 원재료를 산 음식점·제조업

부가세가 면제된 농산물·축산물·수산물·임산물을 원재료로 써서 과세되는 음식이나 제품을 공급하면, 실제로 낸 부가세가 없어도 매입가액의 일정 비율을 매입세액으로 공제합니다(부가가치세법 제42조 제1항). 개인 음식점은 108분의 8이고, 과세표준 2억원 이하이면 2026년 12월 31일까지 109분의 9입니다. 과세유흥장소는 102분의 2, 그 밖의 음식점은 106분의 6입니다. 제조업은 과자점업, 도정업, 제분업, 떡방앗간을 하는 개인사업자가 106분의 6, 그 밖의 제조업 중 조특법상 중소기업과 개인사업자가 104분의 4입니다.

공제에는 한도가 있습니다. 2027년 12월 31일까지 개인 음식점은 면세농산물 관련 과세표준의 75%(1억원 이하), 70%(1억원 초과 2억원 이하), 60%(2억원 초과)에 공제율을 곱한 금액까지 공제됩니다. 그 밖의 개인사업자는 65%(2억원 이하), 55%(2억원 초과)입니다(부가가치세법 시행령 제84조 제2항). 공제를 받으려면 의제매입세액 공제신고서와 함께 매입처별 계산서합계표나 신용카드매출전표등 수령명세서를 내야 합니다. 제조업자가 농어민에게 직접 산 경우에는 공제신고서만 내면 됩니다(같은 조 제5항).

신용카드매출전표 발행세액공제: 소매·음식·숙박업 등

주로 소비자를 상대하는 소매업, 음식점업, 숙박업, 미용·욕탕업 등을 하는 개인사업자와 일부 간이과세자가 신용카드매출전표나 현금영수증을 발급하면 발급금액의 일정 비율을 납부세액에서 공제합니다. 법인과 직전 연도 사업장 공급가액이 10억원을 넘는 개인사업자는 대상이 아닙니다(부가가치세법 제46조 제1항, 같은 법 시행령 제88조 제3항). 공제율은 2026년 12월 31일까지 1.3%, 한도는 연 1천만원이며, 그 뒤에는 1%와 연 500만원입니다. 공제액은 납부할 세액을 넘을 수 없으므로 환급세액을 만들지는 않습니다(같은 조 제2항).

전자세금계산서 발급세액공제: 소규모 개인사업자

직전 연도 사업장별 공급가액(면세 포함)이 3억원 미만인 개인사업자나 그해 새로 사업을 시작한 개인사업자가 2027년 12월 31일까지 전자세금계산서를 발급하면, 발급 1건당 200원을 연 100만원 한도로 공제합니다(부가가치세법 제47조 제1항, 같은 법 시행령 제89조). 발급명세를 발급일 다음 날까지 국세청에 전송한 경우에만 인정되므로 전송 기한을 지켜야 합니다. 신고할 때 전자세금계산서 발급세액공제신고서를 함께 냅니다.

전자신고세액공제: 직접 신고할 때만

납세자가 직접 전자신고로 부가가치세 확정신고를 하면 5천원을 납부세액에서 공제하거나 환급세액에 더해 줍니다(조세특례제한법 제104조의8 제2항, 같은 법 시행령 제104조의5 제3항·제4항). 예정신고는 대상이 아니고, 매출과 매입이 모두 없는 일반과세자도 제외됩니다. 종합소득세 확정신고를 직접 전자신고하면 1만원을 공제합니다. 세무대리인이 대신 전자신고한 경우 이 공제는 납세자가 아니라 세무대리인 쪽에 적용됩니다(같은 조 제3항).

근거 법령

• 부가가치세법 제42조: 면세농산물등 의제매입세액 공제율
• 부가가치세법 시행령 제84조: 의제매입세액 공제 한도와 제출서류
• 부가가치세법 제46조, 같은 법 시행령 제88조: 신용카드매출전표등 발행세액공제(1.3%, 연 1천만원, 2026.12.31까지), 10억원 초과 개인 제외
• 부가가치세법 제47조, 같은 법 시행령 제89조: 전자세금계산서 발급세액공제(건당 200원, 연 100만원, 2027.12.31까지)
• 조세특례제한법 제104조의8, 같은 법 시행령 제104조의5: 전자신고세액공제(부가세 확정신고 5천원, 종합소득세 1만원)

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