원두를 볶아 파는 로스터리는 제조업이라 간이과세가 원칙적으로 배제되고, 식품위생법상 등록 또는 신고가 필요합니다. 볶지 않은 생두는 면세여서 의제매입세액공제(4/104) 대상이며, 제조업 창업감면과 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있습니다.
커피 로스터리는 카페처럼 보이지만 세법상으로는 제조업에 가깝습니다. 그래서 간이과세 선택이 원칙적으로 막혀 있고, 대신 제조업 창업감면과 중소기업 특별세액감면을 받을 수 있습니다. 가장 큰 특징은 원재료인 생두가 면세라는 점입니다. 볶지 않은 생두 매입액에 의제매입세액공제를 적용할 수 있어, 매입 증빙을 어떻게 갖추느냐가 부가가치세를 가릅니다.
개업 전 인허가와 사업자등록
식품을 제조·가공하는 영업은 식품제조·가공업으로, 관할 시·군·구청에 등록해야 합니다(식품위생법 제37조 제5항, 시행령 제21조 제1호, 제26조의2). 제조·가공한 식품을 그 업소에서 최종소비자에게 직접 파는 형태는 즉석판매제조·가공업으로 신고 대상이 됩니다(시행령 제21조 제2호, 제25조). 다른 카페에 원두를 납품하려면 즉석판매 범위를 벗어나므로, 판매 방식을 먼저 정하고 관할 구청에 어느 업종으로 낼지 확인해야 합니다. 영업 전 식품위생교육도 받아야 합니다(식품위생법 제41조).

과세유형: 면세인가, 간이과세가 되는가
볶은 원두 판매는 과세입니다. 부가가치세법 시행규칙 별표 1은 커피 중 볶지 않은 것만 면세 미가공식료품으로 정하고 있어, 볶는 순간 과세 재화가 됩니다.
간이과세는 제조업이 배제 업종입니다(부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제2호). 예외는 과자점업, 떡방앗간, 양복점업처럼 주로 최종소비자에게 직접 공급하는 사업과 국세청장이 고시한 사업뿐입니다(시행규칙 제71조 제1항). 로스터리는 예외 목록에 직접 나오지 않으므로 일반과세자로 시작한다고 보고 준비하는 것이 맞습니다.
현금영수증과 매출 관리
원두 제조업은 소득세법 시행령 별표 3의3의 현금영수증 의무발행업종에 없습니다. 다만 매장이나 온라인에서 소비자에게 직접 파는 소매 매출이 생기면 소비자상대업종 매출로 보아 직전 연도 수입금액 2,400만원 이상일 때 현금영수증가맹점 가입 의무가 생길 수 있습니다(소득세법 제162조의3, 시행령 제210조의3, 별표 3의2). 카페 납품분은 세금계산서로 발급합니다.
장부는 제조업 기준으로 직전 연도 수입금액이 1억5천만원 이상이면 복식부기 의무가 생기고, 3,600만원 미만이면 단순경비율 대상입니다(소득세법 시행령 제208조 제5항, 제143조 제4항).
창업감면과 받을 수 있는 공제
제조업은 창업중소기업 세액감면 대상입니다(조세특례제한법 제6조 제3항 제2호). 2026년 이후 창업한 청년(15세 이상 34세 이하, 병역기간 최대 6년 차감)은 수도권 외·수도권 인구감소지역 100%, 수도권(과밀억제권역·인구감소지역 제외) 75%, 과밀억제권역 50%를 5년간 감면받습니다. 청년이 아니면 50%, 25%, 0%이며 연 수입금액 1억400만원 이하인 해는 100%, 75%, 50%입니다(같은 조 제1항·제6항, 시행령 제5조).
제조업은 중소기업 특별세액감면 업종이기도 합니다. 소기업은 수도권 20%, 수도권 외 30%가 적용됩니다(조세특례제한법 제7조). 창업감면 기간이 끝난 뒤를 대비해 같이 알아두면 좋습니다.

생두 의제매입과 연간 정산
면세로 산 생두로 과세되는 원두를 만들면 의제매입세액공제를 받습니다. 중소기업과 개인 제조업의 공제율은 4/104이고(부가가치세법 제42조), 개인의 한도는 2027년 12월 31일까지 과세표준 2억원 이하 65%, 2억원 초과 55%에 공제율을 곱한 금액입니다(시행령 제84조 제2항). 해외에서 직접 들여오는 생두도 수입 단계에서 면세되므로 공제 대상이 됩니다(부가가치세법 제27조 제1호).
생두는 한꺼번에 들여오는 경우가 많습니다. 1월부터 12월까지 계속 제조업을 했고 1기 매입 비율이 연간의 75% 이상이거나 25% 미만이면, 2기 확정신고 때 연간 매입액 기준으로 다시 계산해 덜 받은 공제를 받을 수 있습니다(시행령 제84조 제3항). 매입 시기가 몰리는 로스터리라면 이 정산을 놓치지 마세요.

근거 법령
- 식품위생법 제37조, 시행령 제21조·제25조·제26조의2: 제조·가공업 등록과 즉석판매 신고
- 식품위생법 제41조: 식품위생교육
- 부가가치세법 시행령 제109조, 시행규칙 제71조: 제조업 간이과세 배제와 예외
- 부가가치세법 시행규칙 별표 1: 볶지 않은 커피 면세
- 부가가치세법 제27조·제42조, 시행령 제84조: 수입 면세, 의제매입과 연간 정산
- 소득세법 시행령 제143조·제208조: 단순경비율·복식부기 기준
- 소득세법 제162조의3, 시행령 제210조의3: 현금영수증가맹점
- 조세특례제한법 제6조·제7조: 창업감면, 중소기업 특별세액감면
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