건강기능식품 판매 창업 세무 가이드: 신고와 현금영수증

건강기능식품 판매는 식품 판매처럼 보이지만 별도 법률로 관리되는 업종입니다. 판매업 신고를 먼저 해야 하고, 건강보조식품 소매업은 현금영수증 의무발행업종이라 고액 현금 결제를 그냥 넘기면 가산세가 붙습니다. 매장 소매인지, 온라인 판매인지, 약국·마트 납품인지에 따라 간이과세와 창업감면 여부도 달라집니다.

개업 전 인허가와 사업자등록

건강기능식품판매업을 하려면 영업소별로 시설을 갖추고 관할 시·군·구청에 신고해야 합니다(건강기능식품에 관한 법률 제6조 제2항). 약사법에 따라 개설등록한 약국에서 파는 경우는 신고 대상이 아닙니다. 개인 맞춤형으로 소분·조합해 파는 맞춤형건강기능식품판매업은 식품의약품안전처장에게 따로 신고합니다(같은 조 제3항). 신고증을 받은 뒤 사업자등록을 신청하고, 온라인으로 판다면 통신판매업 신고도 합니다(전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률 제12조).

과세유형: 면세인가, 간이과세가 되는가

건강기능식품은 가공된 제품이어서 미가공식료품 면세 대상이 아니고 과세입니다. 소매만 한다면 연간 공급대가 1억400만원 미만 예상 시 간이과세를 신청할 수 있습니다(부가가치세법 제61조, 시행령 제109조 제1항). 장부는 도소매업 기준으로 직전 연도 수입금액 3억원 이상이면 복식부기 의무, 6천만원 미만이면 단순경비율 대상입니다(소득세법 시행령 제208조 제5항, 제143조 제4항).

현금영수증과 매출 관리

소득세법 시행령 별표 3의3은 건강보조식품 소매업을 현금영수증 의무발행업종으로 정하고, 이 품목을 전자상거래로 파는 통신판매업도 포함합니다. 따라서 사업 개시일부터 60일 이내에 현금영수증가맹점에 가입해야 하고, 건당 10만원 이상(부가가치세 포함)을 현금으로 받으면 소비자가 요청하지 않아도 발급해야 합니다(소득세법 제162조의3, 시행령 제210조의3). 미발급하면 미발급액의 20%가 가산세이고, 10일 이내 자진 발급하거나 신고하면 10%로 줄어듭니다(소득세법 제81조의9). 사업자에게 팔고 세금계산서를 발급한 경우에는 현금영수증을 발급하지 않아도 됩니다.

소매 매출의 카드·현금영수증 발행금액은 개인 일반과세자 기준 1.3%, 연 1천만원 한도로 부가가치세에서 공제됩니다(2026년 12월 31일까지, 부가가치세법 제46조).

창업감면과 받을 수 있는 공제

매장 소매업은 창업중소기업 세액감면 대상 업종이 아니지만, 통신판매업은 대상입니다(조세특례제한법 제6조 제3항 제5호). 주된 판매 방식이 온라인이어서 업종이 통신판매업으로 잡히면, 2026년 이후 창업한 청년은 수도권 외·수도권 인구감소지역 100%, 수도권(과밀억제권역·인구감소지역 제외) 75%, 과밀억제권역 50%, 청년 외는 50%, 25%, 0%를 5년간 감면받습니다. 업종 판단은 한국표준산업분류를 따릅니다(같은 법 제2조 제3항). 도매 및 소매업은 중소기업 특별세액감면 업종이어서 소기업은 10%를 감면받을 수 있습니다(같은 법 제7조).

납품 거래를 시작할 때 달라지는 것

매장이나 온라인에서 소비자에게만 팔다가 약국, 헬스장, 마트 등에 납품을 시작하면 도매업을 겸영하게 됩니다. 도매업은 소매업을 겸영하는 경우를 포함해 간이과세 배제 업종이므로(부가가치세법 시행령 제109조 제2항 제3호), 간이과세자였다면 일반과세로 바뀌는 시점을 따져 봐야 합니다. 납품처에는 세금계산서를 발급해야 하고, 발급하지 않으면 공급가액의 2% 가산세가 붙습니다(부가가치세법 제60조). 납품 계약 전에 과세유형과 증빙 방식을 먼저 정리하세요.

근거 법령

• 건강기능식품에 관한 법률 제6조: 건강기능식품판매업 신고
• 전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률 제12조: 통신판매업 신고
• 부가가치세법 제61조, 시행령 제109조: 간이과세 기준과 도매업 배제
• 소득세법 제162조의3, 제81조의9, 시행령 제210조의3·별표 3의3: 현금영수증 의무발행
• 부가가치세법 제46조·제60조: 신용카드매출전표 발행세액공제, 세금계산서 가산세
• 소득세법 시행령 제143조·제208조: 단순경비율·복식부기 기준
• 조세특례제한법 제2조·제6조·제7조: 업종 분류, 창업감면, 중소기업 특별세액감면

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