한의원 개원 세무 가이드: 면세와 과세 혼합사업자

한의원 세금은 진료 내용에서 갈립니다. 국민건강보험 적용을 받는 한방진료는 원칙적으로 부가가치세가 면제되지만, 미용이나 다이어트 목적의 비급여 진료는 과세 대상이 될 수 있어 많은 한의원이 면세와 과세가 섞인 혼합사업자가 됩니다. 또 한의사업은 간이과세와 단순경비율 모두 배제되는 업종이라 처음부터 꼼꼼한 장부 관리가 필요합니다.

개업 전 인허가와 사업자등록

한의원은 한의사만 개설할 수 있고, 의료법 제33조제2항에 따라 한의사는 한방병원·요양병원 또는 한의원을 개설할 수 있습니다. 같은 조 제3항에 따라 한의원을 개설하려는 자는 관할 시장·군수·구청장에게 개설신고를 해야 합니다(종합병원 등은 허가 대상이지만 한의원은 신고 대상입니다). 신고를 마친 뒤 세무서에 사업자등록을 하는데, 진료 구성에 따라 면세사업자 또는 과세·면세 겸업사업자로 등록 형태가 달라집니다.

과세유형: 면세인가, 간이과세가 되는가

한의사가 제공하는 진료용역은 부가가치세법 제26조제1항제5호, 같은 법 시행령 제35조제1호에 따라 의료보건 용역으로서 면세입니다. 다만 국민건강보험법상 요양급여 대상에서 제외되는 일부 비급여 진료는 면세에서 제외됩니다. 구체적으로 시행령 제35조제1호는 성형수술, 그리고 제모술·탈모치료술·피부미백술·항노화치료술·지방흡인술·지방융해술 등을 면세 제외 진료로 열거하고 있습니다. 한의원에서 하는 제모·탈모치료·피부미백·지방융해 같은 미용 목적 비급여 시술이 이 항목에 해당하면 그 매출은 부가가치세 과세 대상이 됩니다. 한편 한의사업은 부가가치세법 시행령 제109조제2항제7호에 간이과세 배제업종으로 명시되어 있어, 과세분이 있는 한의원은 매출 규모와 무관하게 간이과세를 적용받을 수 없고 일반과세자로 신고해야 합니다.

현금영수증과 매출 관리

소득세법 시행령 별표 3의3(보건업 및 사회복지 서비스업 항목)에 "자. 한의원"이 명시되어 있어, 한의원은 현금영수증 의무발행업종에 해당합니다. 10만원 이상 거래를 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 현금영수증을 발급해야 합니다(소득세법 제162조의3제4항). 보험진료는 요양급여 청구 단계에서 투명하게 관리되지만, 비급여 진료 현금결제분은 누락되기 쉬우므로 발급 체계를 처음부터 갖춰두는 것이 안전합니다.

창업감면과 받을 수 있는 공제

창업중소기업 세액감면(조세특례제한법 제6조제3항)이 적용되는 업종 목록에는 의료업이 포함되어 있지 않아, 한의원은 이 감면을 받을 수 없습니다. 다만 중소기업에 대한 특별세액감면(조세특례제한법 제7조제1항제1호허목)은 의료기관을 운영하는 사업을 감면 업종으로 포함하면서, 의원·치과의원·한의원의 경우 해당 과세연도 수입금액 중 국민건강보험법상 요양급여비용이 차지하는 비율이 80% 이상이고 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에 한정해 "의료업"으로 인정합니다. 즉 비급여·미용진료 비중이 높은 한의원은 요양급여비율 80% 기준을 넘지 못해 이 감면도 받지 못할 수 있습니다. 조건을 충족하면 도매업등 기준으로 소기업 10%, 중기업(수도권 외) 5% 등의 감면이 적용됩니다(같은 조 제1항제2호가목·라목).

장부 작성에서 꼭 챙겨야 할 쟁점

한의사업은 소득세법 시행령 제143조제7항제2호에 따라 단순경비율 적용대상자에서 전면 제외되는 업종입니다. 신규 개원이라도 매출 규모와 무관하게 기준경비율로 추계해야 하므로, 다른 업종보다 임차료·인건비·재료비 등 지출 증빙을 빠짐없이 갖춰두는 것이 유리합니다. 또한 보험진료(면세)와 비급여 진료(과세)의 매출을 구분경리하지 않으면 전체 매출이 과세로 잘못 산정되거나 의제매입세액 등 공제 계산이 틀어질 수 있어, 처방·결제 시스템에서 처음부터 면세·과세를 나누어 기록하는 것이 중요합니다.

근거 법령

• 의료법 제33조제2항·제3항: 한의사의 한의원 개설 및 신고
• 부가가치세법 제26조제1항제5호, 시행령 제35조제1호: 한의사 진료용역의 면세와 비급여 미용시술 면세 제외
• 부가가치세법 시행령 제109조제2항제7호: 한의사업은 간이과세 배제업종
• 소득세법 시행령 별표 3의3: 한의원은 현금영수증 의무발행업종
• 조세특례제한법 제7조제1항제1호허목: 요양급여비율 80% 이상·종합소득금액 1억원 이하 한의원의 의료업 특별세액감면
• 소득세법 시행령 제143조제7항제2호: 한의사업은 단순경비율 적용대상자 제외

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