병의원 개원 세무 가이드: 면세와 비급여 과세의 경계

병의원 개원에서 세금이 갈리는 지점은 세 가지입니다. 일반진료는 면세지만 미용 목적 비급여 진료는 과세로 나뉘고, 의사업은 간이과세가 처음부터 불가능하며, 창업중소기업 세액감면이 아니라 요양급여비율을 기준으로 한 별도 특례가 적용됩니다.

개업 전 인허가와 사업자등록

의료법 제33조제2항에 따라 의사는 의원, 치과의사는 치과의원, 한의사는 한의원만 개설할 수 있고, 같은 조 제3항에 따라 개설하려는 자는 시장·군수·구청장에게 신고해야 합니다(병원급 이상은 시·도지사 허가 대상으로 별도 절차입니다). 신고가 끝난 뒤 사업자등록을 진행하며, 비급여 진료 비중에 따라 처음부터 과세·면세 겸업사업자로 등록할지 결정해야 합니다.

과세유형: 면세인가, 간이과세가 되는가

부가가치세법 제26조제1항제5호와 시행령 제35조제1호에 따라 의사·치과의사·한의사·간호사가 제공하는 의료용역은 원칙적으로 면세입니다. 다만 국민건강보험법상 요양급여 대상에서 제외되는 진료, 즉 쌍꺼풀수술·코성형수술·지방흡인술·주름살제거술·안면윤곽술·치아미백·라미네이트·잇몸성형 등 성형수술, 제모술·탈모치료술·문신술·피부미백술·항노화치료술 같은 미용 시술은 면세 대상에서 제외되어 과세로 공급해야 합니다. 성형외과·피부과처럼 비급여 미용진료 비중이 높은 과는 과세·면세 겸업사업자가 되는 경우가 많습니다. 간이과세 여부는 따질 필요가 없는데, 부가가치세법 시행령 제109조제2항제7호가 의사업을 간이과세 배제업종으로 명시하고 있어 과세 매출이 있는 이상 항상 일반과세자로 신고해야 합니다.

현금영수증과 매출 관리

소득세법 시행령 별표 3의3은 종합병원부터 일반의원(성형외과 포함), 치과의원, 한의원까지 보건업 전반을 현금영수증 의무발행업종으로 지정하고 있습니다. 건당 10만원 이상 현금 결제는 요청 여부와 관계없이 현금영수증을 발급해야 하며, 비급여 진료비는 현금 결제 비중이 높은 편이라 누락되지 않도록 결제 시스템을 갖춰야 합니다.

창업감면과 받을 수 있는 공제

조세특례제한법 제6조제3항이 정한 창업중소기업 세액감면 대상 업종 목록에는 사회복지 서비스업만 있고 보건업(의료업)은 포함되어 있지 않아, 병의원은 일반적인 창업중소기업 세액감면을 받을 수 없습니다. 대신 같은 법 제7조제1항제1호허목은 의료기관을 운영하는 사업을 특별세액감면 대상으로 규정하면서, 의원·치과의원·한의원에 한해 해당 과세연도 수입금액 중 국민건강보험법상 요양급여비용이 차지하는 비율이 80% 이상이고 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에만 적용한다는 조건을 달고 있습니다. 비급여 진료 비중이 높으면 이 조건을 충족하지 못해 특별세액감면도 받지 못할 수 있다는 점을 미리 계산해두어야 합니다.

비급여 비중과 겸업 관리

과세·면세를 겸업하면 임차료, 의료기기 구입비 같은 공통매입세액을 매출 비율로 안분해야 합니다. 비급여 진료 비중이 매년 달라지는 병의원은 안분 비율도 함께 바뀌므로, 월별로 급여·비급여 매출을 구분해 장부에 기록해두는 것이 안분 계산과 요양급여비율 80% 기준 판단 모두에 도움이 됩니다.

근거 법령

• 의료법 제33조제2항·제3항: 의원·치과의원·한의원 개설 신고
• 부가가치세법 제26조제1항제5호, 시행령 제35조제1호: 의료보건용역 면세 및 비급여 미용진료 과세 범위
• 부가가치세법 시행령 제109조제2항제7호: 의사업 간이과세 배제
• 소득세법 시행령 별표 3의3: 보건업 현금영수증 의무발행업종
• 조세특례제한법 제7조제1항제1호허목: 의료업 특별세액감면(요양급여비율 80% 이상, 종합소득금액 1억원 이하)
• 소득세법 시행령 제208조제5항 단서, 제143조제7항제2호: 의사업은 수입금액과 관계없이 복식부기의무자이며 단순경비율 적용 제외

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